Il territorio era abitato sin dall'epoca antica come dimostrano alcuni ritrovamenti archeologici.
Le prime notizie sull'insediamento di Micigliano risalgono alla metà del X secolo e ricordano come nel 943 l'Abbazia di Farfa acquisì dei terreni "in locus qui nominatur Micilianus".
Nel X secolo divenne, con i vicini castelli di Cesura e Vischiata, nucleo centrale del feudo dell'Abbazia di SS Quirico e Giulitta, edificata dai Benedettini nel X secolo.
Dell'insediamento di Vischiata sono tutt'oggi visibili i resti (mura di cinta, abitazioni).
Il feudo ecclesiastico fu abolito all'inizio del XIX secolo.